物化所現有大中型儀器設備、計算集群等90餘套。主要包括：

●超高真空變溫掃描探針顯微鏡、低溫強磁場掃描隧道顯微鏡、超高真空低溫磁場掃描隧道顯微鏡、常規掃描探針顯微鏡5套

●透射電子顯微鏡、冷場發射掃描電子顯微鏡、熒光顯微鏡、X射線衍射儀

●電學測試系統3套、靜電分析儀、電化學工作站7套

●钛寶石飛秒激光器

●動态激光散射儀、微區拉曼光譜儀、紅外光譜儀、紫外-可見-近紅外光譜儀、熒光光譜儀、多功能圓二色光譜儀

●冷凍蝕刻機、蘸筆納米刻蝕機、等離子刻蝕機3套

●化學氣相沉積系統25套、超高真空電子束沉積系統1套

●分析型超速離心機

●生物分子相互作用分析儀

●真空鍍膜機5套

●高性能集群計算機系統1套