在研項目：

1. 自然科學基金面上項目，"結合機器學習與統計熱力學原理的自由能計算方法"（課題負責人，2025-2028）；

2. 自然科學基金面上項目，"天然無序蛋白質的别構效應：基于構象系綜的研究"（課題負責人，2023-2026）；

已結題項目：

1. 自然科學基金面上項目，"二維材料異質結構中的層間電荷與能量轉移的計算研究"（課題負責人，2018-2021。已結束）；

2. 自然科學基金重點項目，"蛋白質别構調控機制研究"（參加，2017-2021。已結束）；

3. 973計劃項目，"基于蛋白質調控網絡的系統生物學研究"（參加，2015-2019。已結束）；

4. 自然科學基金面上項目，"石墨烯遷移率的計算研究"（課題負責人，2014-2017。已結束）；

5. 自然科學基金面上項目，"天然無序蛋白質的結合動力學特性及序列－結構關系"（課題負責人，2010-2012。已結束）；

6. 973計劃項目，"基于蛋白質結構與相互作用的計算生物學研究"（課題負責人，2009-2013。已結束）；

7. 自然科學基金創新研究群體項目，"生物網絡研究"（參加，2008-2013。已結束）；

8. 中央高校基本科研業務費專項基金，"石墨烯剪紙電子學研究"（參加，2009-2010。已結束）；

9. 教育部留學回國人員科研啟動基金，"動力學過程數值模拟中的加速算法研究"（負責人，2008-2010。已結束）。