《理論與計算化學（I）：分子模拟的原理與應用》研究生課程

學分：2； 學時：32。主講人：劉志榮 教授。

基本目的：

    分子力學（molecular mechanics，又叫力場方法 force field method）采用經典力學來描述分子體系，利用計算機技術計算分子的構象、能量及其他熱力學與動力學性質。它廣泛應用于計算化學、計算生物學、材料科學等領域。本課程主要是介紹分子力學模拟的方法原理與常用技術，使同學們掌握閱讀并理解文獻中與分子模拟相關的内容所需的背景知識，也為有興趣從事分子模拟研究的人提供一個基礎訓練。

    The purpose of the course is to prepare students to read and interpret the molecular modeling literature and to apply molecular modeling in their research.

參考書目：

1、Andrew R. Leach, Molecular modeling: principles and applications, 2nd ed., Pearson Education, Harlow, 2001.

2、蛋白質結構預測與分子設計，來魯華等，beat365出版社，1993。

3、陳敏伯，計算化學—從理論化學到分子模拟，科學出版社，北京，2009。

4、Jonathan M. Goodman, Chemical applications of molecular modeling, The royal society of chemistry, Cambridge, 1998.

内容提要：

* 分子力學模拟概論

* 分子力學力場的形式, 力場的參數化

* 能量極小化

* 分子構象分析方法

* 分子動力學

* 蒙特卡羅模拟

* 分子結構的自動構建

* 靜電計算與溶劑化模型

* 自由能計算

* 分子間相互作用，分子對接

* QM/MM

* 專題：分子模拟方法在藥物設計中的應用